醫院污水的水質特點是含有大量的病原體──病菌、病毒和寄生蟲卵。如結核病醫院污水，每升可檢出結核桿菌幾十萬至幾百萬個。醫院污水還含有消毒劑、藥劑、試劑等多種化學物質。利用放射性同位素醫療手段的醫院的污水還含有放射性物質。醫院污水的水量與醫院的性質、規模及所在地區的氣候等因素有關，按每張病床計一般為每天200～1000升。
醫院排出的放射性廢水常用貯存衰減法處理。醫院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24鈉等是半衰期較短的同位素，因此可以將放射性污水貯存于地下專用衰變水池內,貯存時間為10倍于半衰期,把放射性濃度降到容許排放的程度。如果放射性污水的濃度很低，水量很小，也可用稀釋法處理。中國的《放射性防護規定》要求每一微居里放射性同位素達到容許排放濃度需稀釋水量1.67米3。當放射性污水濃度很高,放射性的半衰期很長，不宜用貯存法和稀釋法處理時，可用蒸發法、離子交換法或凝聚沉淀法進行分離濃縮處理（見放射性廢水處理）。
醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，必須進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果最好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。
